2世代続いた小型ミッドシップ2シーターのMR2は、1999年10月にフルモデルチェンジ。名称をMR-Sに改め、従来のクーペからオープンボディへと大胆な変更がなされた。その背景にあるのは、MR2が高性能化の一途を辿り、シャシー性能が限界点に到達してしまったことが挙げられる。最終的に245psに達したMR2から一転、性能を使い切ることができるライトウェイトスポーツカーとして装いを新たにしたのである。また、同クラスのライバルであるロードスターが人気を博していたことも、MR-Sがオープンスポーツカーとなった大きな理由のひとつだろう。

　エクステリアは、MR2時代のリトラクタブル式ライトを廃し、固定式となったのが目新しい。全長3885mm、全幅1695mmとMR2よりもさらに小型のボディは、どこか愛嬌のあるデザインが与えられていた。歴代MR2の慣わしでもある小型のFFシャシーの一部流用は、今回も行われた。エンジンは車体中央に横置きに搭載。ただしボディそのものは完全なる新設計となり、各所にクロスメンバーなどを効果的に配置することで、970kg（Sエディション）とMR2のターボ車から300kg近くも重量削減に成功している。エンジンは、新世代1.8L 4気筒「1ZZ-FE」を搭載。最高出力は140psと控えめながらも、軽量ボディには十分以上の軽快感を与えていた。トランスミッションは当初5速MTのみだったが、登場翌年にシーケンシャル式5速MTも選べるようになり、AT限定のユーザーでも乗れるようになった。

　当初のグレード構成は廉価版の「Bエディション」、標準タイプ、アルミホイールなど装備を充実させた「Sエディション」に加え、翌年には本革内装の「Vエディション」が設定されている。2002年の大幅改良ではミッションが全車6速化され、内外装デザインをリフレッシュ。しかしスポーツカー不遇の時代の波により、2007年に生産終了した。直接の後継ではないが、トヨタのコンパクトスポーツは、2012年登場の「86」が引き継ぐことになった。